تشير التجارب التشغيلية الجارية في عدد من الموانئ المصرية إلى أن قطارات نقل الحاويات انتقلت من طور التخطيط إلى التنفيذ الفعلي، غير أن توسيع نطاق هذه الخدمة يظل متوقفًا على تجاوز مجموعة من التحديات الجوهرية، يأتي في صدارتها ضرورة انتظام مواعيد الرحلات واستقرارها، وتحقيق تنافسية في تكلفة النقل، وضمان تكامل الإجراءات الجمركية والرقابية، إلى جانب توافر البنية الأساسية اللازمة، فضلًا عن ربط الموانئ بالمناطق اللوجستية ومراكز الإنتاج، والقدرة على التعامل بكفاءة مع الحاويات المبردة.
ويعكس هذا التوجه أهمية متزايدة لقطاع التخليص الجمركي والاستيراد والتصدير في مصر، حيث يمكن أن يسهم التوسع في النقل بالسكك الحديدية في تسريع وتيرة الإفراج الجمركي وتقليل التكاليف اللوجستية وتعزيز تنافسية الصادرات المصرية، شريطة استكمال متطلبات البنية التحتية وتكامل المنظومة الرقابية بين الجهات المعنية.